McKenna và Bell (1997)[6] phân chia họ Castoridae thành hai phân họ là Castoroidinae và Castorinae. Các nghiên cứu gần đây [2][3] đã công nhận thêm 2 phân họ bổ sung nữa, chứa các loài động vật dạng hải ly cơ sở, là Agnotocastorinae và Palaeocastorinae. Điều này được ghi nhận và tuân thủ trong Wikipedia. Trong phạm vi họ Hải ly thì các phân họ Castorinae và Castoroidinae là các đơn vị phân loại có quan hệ chị-em [2][3]; chúng chia sẻ cùng một tổ tiên chung gần đây nhất hơn là so với các thành viên của hai phân họ kia. Cả hai phân họ này đều bao gồm các loài bán thủy sinh có khả năng xây dựng đập ngăn nước[2]. Phân họ Palaeocastorinae bao gồm các dạng hải ly thích đào bới[2], như Nothodipoidini và Migmacastor [7]. Phân loại dưới đây dựa theo Korth [3][7][8] và Rybczynski[2], với sự thiên về phân loại của Rybczynski khi hai phân loại có khác biệt.

• Họ Castoridae
  • Migmacastor †
  • Phân họ Agnotocastorinae † (cận ngành)
    • Tông Agnotocastorini †
      • Agnotocastor †
      • Neatocastor †
    • Tông Anchitheriomyini †
      • Anchitheriomys †
      • Propalaeocastor †
      • Oligotheriomys †
  • Phân họ Palaeocastorinae †
    • Capacikala †
    • Palaeocastor †
    • Pseudopalaeocastor †
    • Tông Euhapsini †
      • Euhapsis †
      • Fossorcastor †
  • Phân họ Castoroidinae †
    • Priusaulax † (còn nghi vấn)
    • Tông Castoroidini (cận ngành)
      • Castoroides †
      • Dipoides †
      • Monosaulax †
      • Procastoroides †
      • Prodipoides †
    • Tông Nothodipoidini †
      • Eucastor †
      • Microdipoides †
      • Nothodipoides †
    • Tông Trogontheriini †
      • Asiacastor †
      • Boreofiber †
      • Euronexomys †
      • Trogontherium †
      • Youngofiber †
  • Phân họ Castorinae
    • Castor – Hải ly ngày nay
    • Hystricops †
    • Palaeomys † (hay Chalicomys †)
    • Romanofiber †
    • Schreuderia †
    • Sinocastor †
    • Steneofiber †
    • Zamolxifiber †